2012年9月29日，国务院国务院以国函[2012]148号，正式批复设立舟山港综合保税区。设立舟山港综合保税区是落实《国家“十二五”规划纲要（2011-2015）》“重点推进浙江舟山群岛新区发展”及国务院《浙江海洋经济发展示范区规划》“加快建设舟山海洋综合开发试验区，全力打造大宗商品国际物流基地，扩大舟山对外开放，支持符合条件的区域按程序申请设立海关特殊监管区域”的重要举措，也是实施《长江三角洲地区区域规划》的现实载体。我们按照既符合舟山实际，又满足监管需要的原则，采取“一区两片”模式，设置本岛分区和衢山分区，总规划面积5.85平方公里。2014年1月本岛分区封关运作以来，舟山港综保区功能政策不断创新突破，口岸服务水平有效提高，配套设施建设逐步健全，对外开放水平全面提升，保税加工制造开始起步，国际海事服务基地建设扎实推进；保税燃油供应基地建设作为舟山港综保区差异化发展的重点，近两年发展迅速，保税燃油直供量位列全国关区第三、港区第二。